佐々木です。

Windows からのみ利用する限りにおいてはそれでOKです。
ODBCのInitial Statement欄に
　SET CHARACTER SET SJIS
が記述されていれば、Access2000 上では SJIS で、
MySQL サーバー内部では EUC-JP で表現されます。

尚、データ自体は EUC-JP で保存されるため、
Windows の機種依存文字は扱うなら、
MySQL サーバー、ODBC共CP932を指定してください。