返信ありがとうございます。後藤です。
ネット上にmysql5系の情報が少ないのでかなり助かっております。

>5.0.0なら、
>url =
"jdbc:mysql:///test?useUnicode=true&characterEncoding=MS932>&mysqlEncoding=s
jis";
>でどうですか？

この方法を適用し、データベースには㈱、㈲が入るようになりました!

ただし、DBから取得し表示する部分で化けてしまいます。
取得部分の表記については
<%@ page contentType="text/html; charset=MS932" %>
url = "jdbc:mysql:///test?useUnicode=true&characterEncoding=MS932";

ResultSet rs = stmt.executeQuery("SELECT TITLE FROM BBS");
String getTitle="";
while(rs.next())
{
	getTitle= rs.getInt("TITLE ");
}
としておりますが、やはり化けてしまいます。
取得のエンコードの問題でしょうか?
度々すみませんが、よろしくお願いいたします。