satoです。

とみたさん、ご回答ありがとうございました。

>単純に max_connections が少なすぎる…ってことはないでしょうか。
とりあえず、mysql.cnf を書き換えて mysqldを再起動しました。コネクション
数を100→200に変更したところ、「Too many connections」エラーは激減しまし
た。ありがとうございます。

ですが、やはり重いままであることに変わりはありません。（CPU使用率ほぼ100
％）これはもうプログラム的にどうにもならない事なのでしょうか？