確実な情報ではありませんが、参考までに。

詳しいことは良く分りませんが、バグレポートに報告されている事象
bugs.mysql.com/bug.php?id=15815
と関係があるかもしれません。

論理ＣＰＵ数が多過ぎると上手く扱えないことがあるようですので、
HyperThreadingを無効にすると状況が改善する可能性があります。
それでもだめならば、さらにカーネルオプションなどで
CPU数を減らす必要があるかもしれません。

バージョン5.1.8以降で改善する可能性があります。
もちろんしない可能性も大いにあります。

また、この事象に直接関係は無いかもしれませんが、
> MAINはinnoDBです。
とのことですがinnodb関係のパラメータはデフォルトのままなのでしょうか？

以上気づいたことでした。

> 山下と申します。
> 
> Webサーバ2台・DBサーバ1台の構成でサイト運営を行っております。
> 
> この度DBサーバのCPU高負荷により安定運営が難しくなったため、
> スペックをアップさせたＤＢサーバを購入・設置し旧サーバよりデータ移行したのですが、
> 逆にかなりレスポンスが悪くなってしまいました。
> 
> 原因または解決策をご存知の方いらっしゃいましたら
> どんな些細なことでもかまいませんのでご教授いただけますでしょうか。
> 宜しくお願いいたします。
> 
> innoDBとMyISAMのテーブルが混在しており、
> MAINはinnoDBです。
> 
> INDEXも適宜はっております。
> データ以移行はmysqldumpを使用いたしました。
> 
> 現象として、
> 旧サーバでは、CPUに負荷がかかるものの、負荷状況に上下がみられ、遅いながらも運営できていたのですが（集中時間を除く）、
> 新サーバではCPUが高負荷のまま、絶えずFULLに使用されhung up状態になってしまいます。
> サーバ交換時間が集中時間ではなかったため、純粋にアクセス集中によるCPU高負荷とは考えづらい状況です。
> 
> 新・旧サーバを比較して
> (1)DBサーバ本体の変更
> (2)OSの変更(32bitから64bit)
> (3)my.confのの変更
> 以外に変更を行っていないためその中に問題があるのではないかと調査しております。
> 
> 開発環境ならびにＤＢサーバスペックは下記の通りです。
> 
> −−−−−−−−−−−
> ●旧ＤＢサーバ環境：
> Pen4 3.2GHz 32bit * 1
> メモリ2Ｇ
> 
> Red Hat Enterprise Linux ES3 32bit
> php 4.4.2
> mysql 4.1.9
> 
> my.conf内容
> [mysqld]
> default-table-type=InnoDB
> query_cache_limit=10M
> query_cache_size=150M
> query_cache_type=1
> set-variable = key_buffer=300M
> set-variable = table_cache=256
> set-variable = sort_buffer=150M
> set-variable = record_buffer=350M
> set-variable = long_query_time=5
> set-variable = max_connections=500
> log-slow-queries
> 
> [mysqldump]
> default-character-set = ujis
> −−−−−−−−−−−
> 
> −−−−−−−−−−−
> ●新ＤＢサーバ環境：
> Xeon 3.33GHz 64bit * 4
> メモリ8Ｇ
> 
> Red Hat Enterprise Linux AS4 64bit
> php 4.4.2
> mysql 4.1.18
> 
> my.conf内容
> [mysqld]
> default-table-type=InnoDB
> query_cache_limit=10M
> query_cache_size=150M
> query_cache_type=1
> set-variable = key_buffer=4000M
> set-variable = table_cache=256
> set-variable = sort_buffer=400M
> set-variable = record_buffer=350M
> set-variable = long_query_time=5
> set-variable = max_connections=500
> set-variable = join_buffer=1000M
> #set-variable = innodb_log_file_size=20M
> log-slow-queries
> 
> [mysqldump]
> default-character-set = ujis
> −−−−−−−−−−−
> 
> 
> 何卒宜しくお願いいたします。
>