玉川です。

>   マルチバイトで注意すべきことを1つの章の形でまとめておくのは、
> 非常に有意義ではないかと思っています。

確かにそうなると分かりやすくて便利だと思います。

今のところ挙がっているのは

・4.0と4.1での文字列の取り扱いの違いによる注意点
http://www.mysql.gr.jp/mysqlml/mysql/msg/9562

・4.1.2から導入されたクライアントとサーバー間での
キャラクタセットの自動変換にともなう注意点

ですが、他に現在散在していて1つの章にまとまると助かる
注意点は具体的にありますでしょうか？

上記の2点だけであれば、それぞれアップグレード時の
注意点に明確に記されてあれば十分のような気がします。
（また、後者は--init-connect='SET NAMES binary'を
バイナリ版の対応策としてドキュメントに記してもらうか、
バイナリ版のデフォルキャラクタセットをbinaryにして
もらうかのどちらかになると思いますし）