玉川です。

>   英文の方のマニュアルを探しても、このあたりの事が書かれているページが
>   見つからないのですが、参考にすべきURLがありましたら、教えてください。

「このあたりの事」がどのあたりを指すのかにもよりますが、
--init-connectシステム変数についてはこちらのページに書かれています。
http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/Server_system_variables.html

しかし、binaryキャラクタセットについて、及び4.0から4.1（バイナリ版）に
アップグレードする際に「latin1以外でコンパイルしたクライアントを使用している
場合は--init-connect='set names binary'オプションをつかってサーバーを
起動する必要がある」という点については確かに言及されていないようです。

皆さんからのリクエストが多いようであれば、ドキュメントに関する
リクエストを出そうと思います。