mysql:9750

片寄です。

> 実際には、a に入っている頭の'0'はいくつ入ってるかは不定で、
> 1000 に該当する部分は数値型の変数で、perlのプログラムの中で
> 数千件から数万件位のレコードを読み込み毎回マッチングの
> 処理を行おうとしています。

SELECT a FROM table WHERE TRIM(a) = LPAD('1000',LENGTH(TRIM(a)),'0');

試していませんが、どうでしょう？

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   @  9721 2004-06-30 22:23 ["松本　諭" <auaxs529] userのログイン（？）                    
      9722 2004-07-01 08:38 ┣[yoshi <yosihisa@xxxx]                                       
      9737 2004-07-01 21:48 ┃┗["松本　諭" <auaxs529]                                     
      9723 2004-07-01 08:39 ┣[ML account <ml@xxxxx]                                       
      9738 2004-07-01 23:09 ┃┗["松本　諭" <auaxs529]                                     
      9739 2004-07-02 01:11 ┃　┗[ML account <ml@xxxxx]                                   
      9724 2004-07-01 09:56 ┗[yoshi <yosihisa@xxxx] 文字列を数値に変換                    
      9725 2004-07-01 10:14 　┣[いっちゃん <icchan@x]                                     
      9726 2004-07-01 10:24 　┣[OGINO Tomonori <ogin]                                     
      9727 2004-07-01 10:40 　┣[ML account <ml@xxxxx]                                     
      9746 2004-07-02 13:17 　┗[yoshi <yosihisa@xxxx]                                     
      9747 2004-07-02 13:46 　　┣[ＪＳＤ藤澤知弥 <fuji]                                   
      9748 2004-07-02 14:00 　　┗["片寄白王" <katayose]                                   
      9749 2004-07-02 14:22 　　　┗[yoshi <yosihisa@xxxx]                                 
->    9750 2004-07-02 14:57 　　　　┣["片寄白王" <katayose]                               
      9751 2004-07-02 15:55 　　　　┃┗[yoshi <yosihisa@xxxx]                             
      9753 2004-07-02 17:11 　　　　┃　┗["片寄白王" <katayose]                           
      9752 2004-07-02 16:00 　　　　┣[Hirofumi Fujiwara <f]                               
      9754 2004-07-02 18:13 　　　　┣[ML account <ml@xxxxx]                               
      9755 2004-07-02 20:21 　　　　┗[OGINO Tomonori <ogin]