よしかわです。

問題の解決法ではないので恐縮ですが
私の環境がちょうど松本さんと同じRedHat9だったのでやってみました。
すでにmysqlユーザーやグループはあるのでその辺の作業ははしょってますが

# ./configure --prefix=/usr/local/mysql
  --with-charset=ujis
  --with-extra-charsets=all
  --with-mysqld-user=mysql
# make
# make install
# ./scripts/mysql_install_db

までの作業で特に問題ありませんでした。

とみたさんの気にされていた日本語環境ですが
当方のLANGの設定は　ja_JP.eucJP
また、fill_help_tables.sqlの方は

# cksum fill_help_tables.sql
404226401 173177 fill_help_tables.sql

となっております。
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よしかわ