松本です。
遅くなりましたが結果報告です。
結局のところ、mysqldの再起動する事で直りました。
原因はわかりませんでした。

幸いな事にスレーブマシンでしたので

１．トラフィックをマスターだけとする
２．スレーブのトラフィックが無い事を確認後、mysql再起動
３．トラフィックを元に戻す。

という手順でサービスを停止する事なくいけました。
どうもありがとうございました。

> > この例では gethostbyname() にて発生するとありますが、松本さんの
> > 場合では gettimeofday() が大量に呼び出されているとの事なので、
> > この関数もスレッドセーフでは無いのかもしれません。
>