遠藤さん、ＲＥＳありがとうございます。

> 直接の回答になってないとは思いますが、secure VPN なんか張っちゃう
> ってぇのはどうですか？
> それに関しては色々意見もあるし、ソリューションもあるかとは思います
> が、私はお手軽さから vtun を多用します。
> あ、もしかして、win かな？

いや、どっちということではなく、例えばレンタルWebサーバ（もちろんCGI可）と
自社、または自宅のMySQLサーバということです。
Windows2000なら、VPNも可能ですが、レンタルだと難しいでしょうね。
でも、暗号化は必要か、ん〜。