片寄です。

> mysql> select Host,User,Grant_Priv from MySQL.user where User='root';
> +-----------+------+------------+
> | Host      | User | Grant_Priv |
> +-----------+------+------------+
> | localhost | root | Y          |
> | %         | root | Y          |
> +-----------+------+------------+
> 2 rows in set (0.00 sec)
> 
> となり、権限はあるようです。
> 
> エラーメッセージから考えると、userテーブル自身が読み込み専用である
> ということなのでしょか？

マニュアルの12.1に記載されている1036というエラーコード内容は
'ER_OPEN_AS_READONLY'となっています。

直接的にテーブル自体がREANONLYといってる訳ではないと思います。

READ/WRITE権限でテーブルをオープンを試みたが、
なんらかの原因でREADONLYでしか開けなかった。

ということでしょうね。

ちなみに、私のところの環境は、
　サーバはSolaris8（SPARC）
　MySQLはVersion 4.0.16-standard
　クライアントはWindows2000です
似たような環境とは思いますが、yoshiさんのようなエラーは経験していません。