はじめまして、椿と申します。
横からで恐縮ですが、

欧文特殊文字をShift-JISのデータと混在させて表示させるために、
HTMLの実体参照を使用するという認識であっていますでしょうか？

（欧文外字はShift-JISのコードに無いモノがほとんどなので、
Shift-JISを使うという前提ならば、その方法が妥当だと思います。
もちろんHTMLブラウザーを使用しなければ、正しく表示されませんが、、、）

もしそうであればデータベースに&eaccute;等の文字列を挿入出来ないという事になると思うのですが、
具体的にはねられるというのはどういう状態なのでしょうか？
エラー等は出ているのでしょうか？

以下の環境では問題有りませんでした。

OSX10.3 MySQL3.23.58
Safari1.2 + phpMyAdmin, CocoaMySQL

全く的外れかもしれません、
そのフィールドのみ、ISO Latin-1の文字コードで挿入したいという事でしょうか？

椿