A.K.I.です。
少し前に実験で使ったことがあるだけですが、
Auth_MySQL_Encryption_Types [Plaintext, Crypt_DES, MySQL]
の設定が必要だったと思います。今回の場合MySQLを記述します。

#Googleで探してみると
http://kvasir.skirnir.net/software/software00005.ksd
このようなページがみつかりました。

On Mon, 23 Feb 2004 10:34:25 +0900
杉本誠 <sugimoto@xxxxxxxxxx> wrote:

> お世話になります。はじめて投稿します。
> すぎもとといいます。よろしくお願いします。
> 
> 早速ですが、ご教授いただければ幸いです。
> 社内イントラで、mod_auth_mysqlを使用し、MySQL上で暗号化パスワードの利用を
> 考えています。
> しかし、通常のテキストなら認証ＯＫなのですが、パスワードフィールドを暗号化する
> と認証できなくなってしまいます。
> 環境は以下の通りです。
> ＯＳ：　　　　　WindowsNT4.0SP6a
> WebServer： Apache1.3.24
> MySQL　   ：3.23.55
> 使用データベースとテーブル　authdb 、authtable
> 
> ●Apache　httpd.confのmod_auth_mysql関係部分抜粋
> LoadModule mysql_auth_module modules/mod_auth_mysql.so
> <IfModule mod_auth_mysql.c>
>     <Location /restricted>
>         AuthName "MySQL Secured Place"
>         AuthType Basic
>         require valid-user
>         AuthMySQLHost localhost
>         AuthMySQLDB authtdb
>         AuthMySQLUser apache
>         AuthMySQLPassword PaSsWorD
>         AuthMySQLUserTable authtable
>         AuthMySQLNameField username
>         AuthMySQLPasswordField password
>         AuthMySQLCryptedPasswords On
>     </Location>
> </IfModule>
> 
> ●認証対象のディレクトリの.htaccess
> AuthName "このページはパスワード制限されています"
> AuthType Basic
> require valid-user
> AuthMySQLHost localhost
> AuthMySQLDB authdb
> AuthMySQLUser apache
> AuthMySQLPassword PaSsWorD
> AuthMySQLUserTable authtable
> AuthMySQLNameField username
> AuthMySQLPasswordField password
> AuthMySQLCryptedPasswords On
> 
> これら２つの設定は、mod_auth_mysqlの付属サンプルほぼそのままです。
> 
> ●authtableにユーザーを追加するＳＱＬ
> INSERT INTO authtable (username, password) VALUES('sugimoto', password('abcd'));
> 
> password()関数で、確かに暗号化されますが、それを正しくBasic認証することが出来ません。
> password()を使用せずにBasic認証すると、ＯＫとなります。
> AuthMySQLCryptedPasswords Onで暗号化対応だと思うのですが、プレーンテキストで
> 認証してしまいます。
> いろいろ調べて、暗号化がpassword()関数ではなく、encrypt()関数を使用するという記
> 述に行き当たりましたが、WinNT用MySQLでは使用できないとの事でした。
> 
> mod_auth_mysqlはバージョンによって、設定方法がかなり違うようで、試行錯誤しています。
> 何かヒントでもいただければ幸いです。
> 
> 以上、よろしくお願いいたします。
> 
> 

-- 
A.K.I. <aki@xxxxxxxxxx>