近藤です。
もりきゅうさん、こんばんわ。
ご返信ありがとうございます。

ちょっと修正させて下さい。

> # エラーメッセージさえ表示されません。

cronで起動させながら動作確認するのは苦なので、
ブラウザ上から該当するPHPファイルにアクセスしてます。
ですので、ブラウザ画面に何も表示されない事から、
「エラーメッセージさえ表示されません。」と言いました。

> > $a = "mysql -h $hostname -u $username -p $dbname < $filename";
> > systems($a);
> > と、してみましたが何も起こりません。
> 
> system ですね。

申し訳ありません。タイプミスです。
プログラムは、system()になってます。

> my $a = "mysql -h $hostname -u $username -p$passwd $dbname < $filename";

パスワードの部分を記載してなかったので、再度、
$a = "mysql -h $hostname -u $username -p $password $dbname < $filename";
system($a);
と、してみましたが何も出力されずDBに反映されていませんでした。

引き続きよろしくお願い致します。