堤井です。

> 実は質問のメールを出してから、MySQL4.1のバイナリ版を入れ、データも
> 入れなおして試してみましたところ、問題なく動いてしまいました。
> 下のページにも書いてあります通り、RedHatでソース版は
> 今でも鬼門なのでしょうか？
> http://www.mysql.jp/mysql/TIPS/compile.html#redhat

最近バージョンをいろいろ入れ替えて試していることもあり、
ソースからビルドする場合もバイナリ版と同じように全て

/usr/local/mysql

に入るようにし、インストール後

mv /usr/local/mysql /usr/local/mysql-version-foo-bar
ln -s /usr/local/mysql-version-foo-bar /usr/local/mysql

とかで、シンボリックリンク切り替えでやってます。
データはこれまた実態を

/var/mysql/data

とかに入れ、

ln -s /var/mysql/data /usr/local/mysql/data

とかしています。こうすることでライブラリの依存関係
問題がかなりクリアできます。実際私は 3.23.XX, 4.0,
4.1, 5.0 を全て入れた（バイナリ版、ソース版ごちゃまぜ）
マシンで問題なく使っています。

バイナリ版も RPM とか入れるとわけわからなくなるので
tar.gz 版を /usr/local に入れて上記のような
シンボリックリンク方式がお勧めです。