横山です。
石野さん返信ありがとうございます。
現在4.1.0でなんとかやっておりますので、石野さんの方法は、
動作確認までとなってしまいますが、参考にさせていただきます。
ありがとうございました。

> もう解決されたようですが、Windowsで複数のMySQLをインストールするという
> 話題はこれまで出てなかったと思いますので、とりあえず知ってることを
> 投稿したいと思います。
> 
> 4.1.0が既にc:\mysqlにインストールされているとして、
> 今回3.23.33をc:\mysql3にインストールしたとします。
> この場合、mysqlサービスの設定は上書きされないので、
> 自動起動されるのは4.1.0の方です。
> 後からインストールした3.23.33の起動と終了は以下の２つの方法があります。
> (portは3307と仮定しています。）
> 
> 
> [1] コマンドラインから実行。
> ・起動
> 	#mysqld-max-nt --standalone --port=3307 --basedir=c:/mysql3 
> 		--datadir=c:/mysql3/data
> 
> ・終了
> 	#mysqladmin --port=3307 shutdown
> 
> 
> [2] サービスとして実行。
> ・サービス（名称はMysql3と仮定）をインストールする。
> 	#mysqld-max-nt --install-manual Mysql3
> 
> ・起動と終了
> 	コントロールパネル->管理ツール->サービスをひらき、「開始パラメータ」に	
> 	--port=3307 --basedir=c:/mysql3 --datadir=c:/mysql3/data を設定し、
> 	「開始」をクリック。
> 	終了は「停止」をクリック。
> 	（「開始パラメータ」は保存されません。不便。）
> 
> ・MySQLのアンインストール前にサービスをアンインストールする。
> 	#mysqld-max-nt --remove Mysql3
> 
> 
> なお、WINNT/my.iniはどのmysqlサーバでも読み込まれますので、
> 各々のサーバで異なる設定は全て起動オプションに含める必要があります。
> (my.iniより優先されます。）
> 
> MySQL コマンドラインオプション
> http://www.mysql.gr.jp/jpdoc/4.0/manual.ja_MySQL_Database_Administration.html#Command-line_options
> 
> 以上、参考になれば幸いです＆間違いなどあれば御指摘ください。