石川＠初心者です

long_query_time　の初期値が１０になっていますが、３秒に変更したいのですが、
変更できません

１　/etc/my.cnf  が現在
[mysqld]
datadir=/var/lib/mysql
socket=/var/lib/mysql/mysql.sock

[mysql.server]
user=mysql
basedir=/var/lib

[safe_mysqld]
err-log=/var/log/mysqld.log
pid-file=/var/run/mysqld/mysqld.pid

となっていますので、最後の行に
set-variable = long_query_time = 3


を追加し、リスタートしましたが、
反映されません
mysqladmin variables　で見ると、
long_query_time                 | 10
のままです。

そこで、
long_query_time = 3
に変更してみましたが、同じです。

起動パラメータ
/usr/bin/safe_mysqld  --defaults-file=/etc/my.cnf
--log-update=/var/lib/mysql/update.log
--log-slow-queries=/var/lib/mysql/slow_query.log >/dev/null 2>&1 &

を
/usr/bin/safe_mysqld  --defaults-file=/etc/my.cnf
--log-update=/var/lib/mysql/update.log
--log-slow-queries=/var/lib/mysql/slow_query.log --set-variable =
long_query_time=3 >/dev/null 2>&1 &

と変更した所、mysql の起動自体ができなくなり、
ました。

/usr/bin/safe_mysqld  --defaults-file=/etc/my.cnf
--log-update=/var/lib/mysql/update.log
--log-slow-queries=/var/lib/mysql/slow_query.log
--long_query_time=3 >/dev/null 2>&1 &

としても、同じで、起動ができません。

どうすればよいのか、教えてください。

できれば、
/etc/my.cnf に追加したいです。
理由は、起動パラメーターの場合、バージョンアップのたびに
セットしなおさなければいけないので。