Win32版だとWindowsシステムディレクトリ(NT,2kならWINNT。XPやWin9xならWINDOWS)
のmy.iniかな？
http://www.mysql.gr.jp/jpdoc/3.23.x/manual.ja_MySQL_Database_Administration.
html#Option_files

で本題の日本語検索ですが、my.iniを弄らずに
select * from marg_words where binary str_m1 = 'は';
又は、
select * from marg_words where binary str_m1 like '%は%';
としてみてはいかがでしょうか。