A.K.I.です。（さっき自分の名前間違えました）

ローカルのrootではログインできて操作もできている、ということ
だと思うので、念のため

GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO root@% IDENTIFIED BY 'some_pass'

で、全権限を持った、すべてのホストから接続できるユーザーを作
ってそのアカウントで接続してみてください。

#でもたぶんこれは解決策ではないだろうなぁ。
#外からつなぐとプロセス落ちちゃってるみたいだし・・・
#まぁ一応確認ステップの一つとして。

あるいは一応InnoDB有効にして、
innodb_data_file_path = ibdata1:10M:autoextend
を指定してみる、というのも手かもしれませんね。
それを前提に作られたバイナリパッケージかもしれないですし。
・・・だとしたらmy.cnfの内容から抜けてるのは変かな？

#あるいはMySQLの最新版バイナリパッケージを取得してきれいに入
#れ直すのが近道かも？

なんか中途半端な回答で申し訳ないです。