岩永です。
堂前さん、さっそくのレスありがとうございました。

> 　mysql-3.23.54a　のMakefile だと
> 　make init-db があるのですが、4.0.12　ないでしょか？
> init-db:　$(top_builddir)/scripts/mysql_install_db


さっそく試した所、無事に起動することができました！
ありがとうございました。

以下、参考までに手順です。

+------ tar解凍・インストール ------+
	# tar xvf mysql-4.0.12.tar
	# cd mysql-4.0.12
	# ./configure -prefix=/usr/local/mysql
	# make
	# make install
	# su - mysql
	# /usr/local/mysql/bin/mysql_install_db 
	# chown -R root.mysql /usr/local/mysql
	# chown -R mysql.mysql /usr/local/mysql/var
	# cp /path/to/mysql-3.23.54a/support-files/my-medium.cnf /etc/my.cnf

+------ MySQL起動 ------+
	#/etc/rc.d/init.d/mysql start

参考：http://www.roomc.jp/mysql/inst_mysql0323.html


> > ☆２.別サーバでMySQLの呼び出しについて
> > しかしMySQLモジュールをMakefile.PLでインストールした時に、
> > MySQLをインストールした場所を聞かれてきます。
> > 
> > Where is your MySQL installed? Please tell me the directory that
> > contains the subdir 'include'. [/usr/local]
> 
> 　src解凍して header の pathを指定してあげればいいと思います。
> 　＃libはいらないのかな？


という事は、サーバにはMySQLをインストールしなくても
別サーバのMySQLを使用できるという事でしょうか

こちらの方もさっそく試そうとしたのですが、 headerのpathを指定と
いうところで、どのファイルの何処を変えるのかというのがわかりませんでした。

甘えてばかりで申し訳ないのですが、わかるようでしたらもう少し
教えていただけないでしょうか？
よろしくお願いします。