柴田です。

mysqlのwindows環境でのバッチ処理方法について

Windows環境であれ（ここはプラットフォームに関係ないですが）
データをcsvファイルに落として保存（元のデータがどうなっているのか判りま
せんが、何か言語を使うかExcelやAccessを介して作るのか、いろいろな方法が
あります。）

load data　でテーブルに取り込む(多分、前後に必要なsql文がつくでしょう)
これをhoge.sqlファイルとして保存し、mysqlにリダイレクトするバッチファイ
ルを作り、このバッチファイルを起動する。

mysql < hoge.sql

といった方法が一般的だと思います。
ログのとり方や、ログにどんなレベルのメッセージを出すか等についてはmysql
のコマンドオプションや、「mysql バッチ処理」辺りで検索して探してください。

バッチファイルでは機能が弱ければ、PerlやCygwinからシェルスクリプトを使う
といった方法が考えられます。この辺まで来るとUNIX系とさして変わらないバッ
チジョブ実行ができるはずです。
UNIX系まで行くと大変そうだったらPerlがジョブコントロールスクリプトとして
良いのではないのでしょうか。phpが判るならとっつきやすいと思います。