高橋です。
石野さん、ありがとうございます。

> 「一般の警告音」というやつだと思います。

この音ではありませんでした。

> $ mysql --no-beep
> でどうでしょう。
> 4.0.2から追加されてるオプションみたいですが、3.23.54にもあるんでしょうか。
> （すくなくとも3.23.53には無いようです。そもそも警告音も鳴りません。）

残念ながらこのオプションはありませんでした。
また今回のように、ないオプションの指定等のコマンドライン解析レベルでの
エラーでは、音は鳴らずにすぐエラーメッセージが表示されプロンプトが返って
きますし、なんと言っても本体から聞こえますので、やはりマシン自体の問題なの
でしょうか...。
# ああ、うるさい。