佐藤です。

レスが遅れてすいません。

>ft_min_word_len=1
>でダメだとしたら
>set-variable = ft_min_word_len = 1
>
>とset-variableの後に=が必要だと思います。
>

アドバイスの通り、set-variableの後に'='を加え、

[mysqld]
set-variable = ft_min_word_len=1

としたところ、設定を変更することができました。
また、'ft_min_word_len = 1'だとだめで、'ft_min_word_len=1'(スペースなし)
だと設定ができるようです。

モエルさん、ご助言ありがとうございました。