織田です

>GUIの起動でも、サービスの開始ができませんでしたか。。。
>でも、一度GUIは起動して、myiniを書き換えているとのこと。
>この状態で、一度はMySQLが起動しているはずですよね？

とも限りません、あくまでもクライアントが起動してるだけで
サーバーがサービスとして起動しているかは別です。
起動できない(信号が赤)状態でもmy.iniの書き換えは出来ます。

ということで、アプリケーションのインストールがきちんと出来てるなら、
サービス開始時に読むMySQLの設定ファイルの記述や置き場所が違うのでは
ないかと思われます。
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織田 澄人(Sumito Oda) / mailto:oda@xxxxxxxxxx