織田です

ウチも環境はOSがWin2k-SP3で、MySQL3.23.53-max-ntですが
別に問題なく動いています。ちょっと前はMySQL3.23.52-ntでしたが。

昔、同じようにサービスで起動できない時がありましたが、
一度アンインストール(及び手動でディレクトリも削除)して、再度インストール
しなおす事で上手くいきました。my.iniかmy.cnfの記述が間違っているという事は
ないですか？c:\mysqlに入れているなら、デフォルトで出来るもので問題ない筈
ですが、一応確認を。

あと最近のバージョンは\winntにmy.iniを置いて、
そこでbasedirによってmysqlのディレクトリを指定してやれば、
別にc:\mysql以外でもきちんと動作します。
[mysqld]
basedir=d:/usr/mysql
datadir=d:/usr/mysql/data
tmpdir=g:/temp
な感じで。datadirは指定しなければ、defaultでbasedir/dataになると思います。
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織田 澄人(Sumito Oda) / mailto:oda@xxxxxxxxxx