お世話になります。
伊藤です。

>森下です。
>
>あっっ、もうやりました？
>
>じつはちょっといい忘れてたことが・・・。
>もちろん日本語環境でご利用なんですよね。
>
>でしたら、手順６の
>./configure --prefix=/usr/local/mysql --with-mysqld-user=mysql
>に、--with-extra-charsets=all --with-charset=ujisをくっつけといて下さい。
>
>では〜

ご教授して頂いた通りにソースから make して
インストールに成功しました。ですがテスト
結果は変わらず不具合がでてしまいました。

そこでいろいろテストをしてみて以下のようなことがわかりました。
とりあえず状況報告まで。

(１)seq_no=1〜5 を insert する (Tomcat+JSP+JDBC経由)
(２)seq_no=1〜4 を delete する (mysqlクライアントにて)
(３)seq_no=6 を insert する (Tomcat+JSP+JDBC経由)
この時点で以下の状態になってしまいます。

mysql> select * from book_data;
+--------+-----------+-----------+
| seq_no | class_cd1 | class_cd2 |
+--------+-----------+-----------+
|      6 |         1 |         1 |
|      5 |         1 |         1 |
+--------+-----------+-----------+

mysql> select seq_no from book_data;
+--------+
| seq_no |
+--------+
|      5 |
+--------+

(４)上記状態でテーブルの検証をするとエラーがでているようです
この手順を行うと必ず下記チェックでエラーになってしまいます。
[localhost:~] mit% sudo myisamchk -e /usr/local/mysql/var/rete/BOOK_DATA.MYI
Password:
Checking MyISAM file: /usr/local/mysql/var/rete/BOOK_DATA.MYI
Data records:       3   Deleted blocks:       1
./bin/myisamchk: warning: 2 clients is using or hasn't closed the table properly
- check file-size
- check key delete-chain
- check record delete-chain
- check index reference
- check data record references index: 1
./bin/myisamchk: error: Found 6 keys of 3
- check records and index references
./bin/myisamchk: error: Record at:         96  Can't find key for index:  1
MyISAM-table '/usr/local/mysql/var/rete/BOOK_DATA.MYI' is corrupted
Fix it using switch "-r" or "-o"