伊藤です。

みなさん、早速のレスありがとうございます。
AutoCommitをOFFにする方法も良く分かっていないので
そちらの方の問題ではないと思っています。

>とみたです。
>
>データが壊れているんじゃないでしょうか。MyISAM 形式のテーブルなら、
>   myisamchk -e テーブルファイル名
>でチェックできます。

さっそくチェックしてみました。
結果は以下の通りですが、error が出ているみたい
でしたので修復したら正常に検索できました。

mit% sudo myisamchk -e /usr/local/mysql/data/rete/BOOK_DATA.MYI
Checking MyISAM file: /usr/local/mysql/data/rete/BOOK_DATA.MYI
Data records:       4   Deleted blocks:       0
./bin/myisamchk: warning: 1 clients is using or hasn't closed the table properly
- check file-size
- check key delete-chain
- check record delete-chain
- check index reference
- check data record references index: 1
./bin/myisamchk: error: Found 7 keys of 4
- check records and index references
./bin/myisamchk: error: Keypointers and record positions doesn't match
MyISAM-table '/usr/local/mysql/data/rete/BOOK_DATA.MYI' is corrupted
Fix it using switch "-r" or "-o"

ただし上記の修復後に再度 insert を行ってから yisamchk -e を
行うとまたエラーになってしまいます。

また、テーブルを drop して再度 create すると、最初は正常に
動作するのですが、数レコードを insert してから
そのうちの１レコードを削除し、またレコードを insert したら
またまた動作がおかしくなってしまいました。
このあたり、再現パターンを明確にしたいと思います。

ちなみに、MySQLの再インストールを行っても結果は一緒でした。
どこか手順の間違いがあるのだろうか。。。？