石野です。

＃無用な全文引用はやめてください。

* [mysql 06456] Re: サーブレットでの接続テスト　ＮＧ
> [root /root]# netstat -a
(snip)
> tcp        0      0 *:mysql                 *:*                     LISTEN


* [mysql 06458] Re: サーブレットでの接続テスト　ＮＧ
> [root kamiyama]# mysqladmin -p variables | grep skip_networking
> Enter password:
> | skip_networking                 | OFF


上記２つの結果からして、サーバ設定は正常に思えます。
エラーメッセージは
* [mysql 06442] サーブレットでの接続テスト　ＮＧ
> ???java.sql.SQLException: Cannot connect to MySQL server on 127.0.0.1:3306.
> Is there a MySQL server running on the machine/port you are trying to
> connect to? (java.security.AccessControlException)
でいいんですよね？

$ mysql -u userName -p -h 127.0.0.1 dbName
で接続できるか試してみるとか、

もしRedHat(7.X) や TurboLinux(8とか)でRPM版のMySQLを使っているなら
（RPMでない）バイナリ版を使うか、--skip-name-resolveオプションをつけて
起動してみてはどうでしょうか。（[mysql 06437]からのスレッド参照。）

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Tomoyuki ISHINO