福元と申します。
環境は、Win2K + JDK1.4 + TOMCAT4.18です。
実はタイトルのような不具合で悩んでおります。
処理的には
　WEB-INF/lib/mm.mysql-2.0.13-you-must-unjar-me.jar
　接続文字列では、
jdbc:mysql:///master1?useUnicode=true&characterEncoding=SJIS
　UpdateCount = sta.executeUpdate(new
String(p1.getBytes("8859_1"),"Shift_JIS"));
のようにきちんとSJIS変換しているつもりなのですが
INSERTとUPDATEを行うと、「あ」のような日本後全てが「?」となって
データベースに格納されているようです。
なみに、mysqlコマンドでINSERT文を実行したレコードについては、読み込んだ際に
も○きちんと日本語表示されます。
なみに、本メーリングリストで紹介されていました「PreparedStatement」の動作は
まだ検証していません。
よろしくお願いします。