堤井です。すいません、やはり私のmailerのようです。
MIMEエンコードされたメールに返信する場合、SubjectもMIMEエンコード
して作成するようです。ヘッダを見ると
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Subject: [mysql 571] =?ISO-2022-JP?B?UmU6IFtteXNxbCA1?=
        =?ISO-2022-JP?B?NjRdIG15c3FsGyRCISEbKEog?=
        =?ISO-2022-JP?B?dnMbJEIhIRsoSiBwb3N0Z2Vy?=
        =?ISO-2022-JP?B?U1FMID8=?=
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となっていました。これでは

>perl で、 
>Subject [mysql nnn] Re: title (Re: 以下からは [mysql nnn] を削る)
>の処理をするものをかぶせています。

でひっかりません。会社でも自宅でもCyberdogを使っているのですが、
会社は英語版、自宅は日本語版で、日本語版だけこうなるようです。
自宅も英語版に変えるか別のメーラに変えようと思います。
お騒がせしました。

プレック研究所　システム開発室　堤井泰志
tutui@xxxxxxxxxx