はじめまして。石野と申します。

> なぜ、Threads: 3 なのになぜOpen tables: 400 にもなるのか
> も疑問です。Open tablesは接続数×各スレッドが使用しているテーブル
> 数ではないのでしょうか？
> 
マニュアルの
5.4.6 MySQL はどのようにテーブルのオープン & クローズを行なうか？
http://www.mysql.gr.jp/jpdoc/3.23.x/manual.ja_MySQL_Optimization.html#Table_cache

> オープンテーブルのキャッシュは最大で table_cache まで大きくなります
> (デフォルトは 64, mysqld のオプション -O table_cache=# で変更可能)。
> キャッシュが一杯になって、他のスレッドがテーブルのオープンを試みた時、
> または mysqladmin refresh mysqladmin flush-tables を使用した場合を除いて、
> テーブルはクローズされません。 

ということのようです。