モエルです。

もう話題が終わってしまったスレッドかもしれないですが
同様の問題を見つけましたのでレポートします。

>File 'NONEXISTENT/charsets/?.conf' not found (Errcode: 2)
>Character set '#12' is not a compiled character set and is
>not specified in the 'NONEXISTENT/charsets/Index' file

このエラー、ぼくの環境でも出ました。

File 'NONEXISTENT/charsets/?.conf' not found (Errcode: 2)
Character set '#13' is not a compiled character set and is
not specified in the 'NONEXISTENT/charsets/Index' file


以前、問題ないと言ってしまいましたが
ヴァージョンが違っていました。。

PHPの4.0.6以降のヴァージョンで問題があるようです。

ＰＣ２台で確認しました。
Red Hat 7.1
MySQL 3.23.40
PHP-4.0.6

Red Hat 7.1
MySQL 3.23.41
PHP-4.0.6

PHP-3.0.18-i18nだと大丈夫です。

以前は、PHPのＤＳＯ版がPHP4.0.6
ＣＧＩ版がPHP3.0.18-i18という環境で使っていて
ＣＧＩ版もPHP4.0.6にＵＰＤＡＴＥしたつもりでいました(^^;