河田です。

tateyan writes:
 > configure が通らないというわけではないのですよね？

ええ。
berkeley DBをリンクしなければ問題もありません。

 > コンパイルエラーとして出力されるならば　そのメッセージ
 > とか...

ha_berkeley.cc: In function `int berkeley_cmp_packed_key(DB *, const DBT *, const DBT *)':
ha_berkeley.cc:354: `struct __db_dbt' has no member named `app_private'
ha_berkeley.cc:354: `struct __db_dbt' has no member named `app_private'
ha_berkeley.cc: In method `struct DBT * ha_berkeley::create_key(DBT *, unsigned int, char *, const byte *, int = 500)':
ha_berkeley.cc:749: `struct __db_dbt' has no member named `app_private'
ha_berkeley.cc: In method `struct DBT * ha_berkeley::pack_key(DBT *, unsigned int, char *, const byte *, unsigned int)':
ha_berkeley.cc:787: `struct __db_dbt' has no member named `app_private'
ha_berkeley.cc: In method `int ha_berkeley::read_row(int, char *, unsigned int, DBT *, DBT *, bool)':
ha_berkeley.cc:1378: `struct __db_dbt' has no member named `app_private'
ha_berkeley.cc: In method `int ha_berkeley::index_read_idx(byte *, unsigned int, const byte *, unsigned int, ha_rkey_function)':
ha_berkeley.cc:1402: warning: assignment of negative value `-1' to `uint'
ha_berkeley.cc: In method `longlong ha_berkeley::get_auto_increment()':
ha_berkeley.cc:1968: `struct __db_dbt' has no member named `app_private'
make: Fatal error: Command failed for target `ha_berkeley.o'

ということで、__db_dbt にはapp_privateという
メンバーがない。（実際にない in db.h）
app_privateを持つのは __db_env の方のstruct
です。

berkeley DBの版が微妙に違うのでしょうかね？