遠藤です。

takeshi@xxxxxxxxxx さんは書きました:
>それ以外のプロセス(sh script にかかれている)が残っているはずです。

う〜ん^^; それは確認済みです。残っていません。
だから不可解なのです。
それも mysqladmin shutdown を別セッションで実行してるにも関わ
らずメールが来るのです。^^;

・cron で前述の script が実行される。
・sh 自身は起動終了している。
・sendmail のプロセスが待っている。
・terminal を起動し、mysqladmin shutdown を実行すると sendmail
　のプロセスがプロセスリストから消えて cron からのメールが来る。

>先の、--with-mit-pthread のせいかもしれません。

このオプションは無くなっています。
というか、--with-mit-pthread=no にして configure をしないと駄目？^^;

>おそらく、このシェルはまだ終了していなくて、sendmailへのパイプが閉じられ
>ていないのでしょう。

shell はやっぱり終了しています。
他に mysql がらみのプロセスも起動していません。

testDB# ps axw | grep send
 9540  ??  Is     0:00.07 /usr/sbin/sendmail -FCronDaemon -odi -oem -oi -t
testDB# ps axw | grep my
 9606  ??  I      0:00.05 /bin/sh /usr/local/bin/safe_mysqld --datadir=/usr/local/var \
--pid-file=/usr/local/var/testDB.honsha.sa
 9636  ??  S      0:00.33 /usr/local/libexec/mysqld --basedir=/usr/local \
--datadir=/usr/local/var --user=root --pid-file=/usr/local
testDB# mysqladmin shutdown
testDB# /usr/local/etc/rc.d/mysql.server.sh start
testDB# Starting mysqld daemon with databases from /usr/local/var
testDB# ps axw | grep send
testDB# ps axw | grep my
10831  p0  S      0:00.05 /bin/sh /usr/local/bin/safe_mysqld --datadir=/usr/local/var \
--pid-file=/usr/local/var/testDB.honsha.sa
10861  p0  S      0:00.10 /usr/local/libexec/mysqld --basedir=/usr/local \
--datadir=/usr/local/var --user=root --pid-file=/usr/local

こんな感じです。
この shutdown 後に cron からメールが来ます。

>あるいはもっと単純な話で、
>mysqladmin shutdown に -p がついていて、入力待ちだったり...

だとすると、myisamchk が実行されないような気がするのですが。。。
cron からのメールでは実行されているようです。
これは、先のメールのログの通りです。

試しに -p で root で動かしてみましょうか。
あ、パスワードは無いや。（笑）

っていうか、今気がついたけど、root 権限で動いてるなぁ。^^;
まずいや。（爆）