またまた例に出しますが(しかもPHP3だし)
http://www.mysql.gr.jp/mysqlml/msg.cgi?id=2349

の一部を改変して任意のデータディレクトリにUniqueなファイル名でバイナリ本体を
置き、元のファイル名などはMySQL上のテーブルに保存しておく・・・というのも
やってます。($userfileをテンポラリからコピー時に管理しやすいUnique名にする訳
ですが)
この場合アップロードも削除も全てスクリプト経由となりますが、デッドリンクがほ
ぼ無くなります。

あとはサイズ次第でしょうか。一つ100kb程度のものであれば、上記過去ログのよう
な直接テーブルへ収納の方が良いかもしれません。