MARUです。
SJIS版のサーバとSJIS用クライアントライブラリを使って、
BLOB型のフィールドへバイナリーデータを挿入してみましたが、
やはり、エスケープした部分のデータがおかしくなりました。
00 88 00 
↓エスケープ処理後
\0 88 \0
↓このデータを取り出してみると
00 88 5C 30
になりました。

サーバ：WinNT4.0 mysql-3.23.32-win.zip
クライアントLIB：winclients-3.23.09a-sjis.zip(libmysql.dll)

>  >libMySQLにはSJIS版があるのでしょうか？（知りませんでした。。。）
>  >~~~~~~~~
>  >↑それは、どこから入手できるのでしょうか？(Win版)
> 
> 　　http://www.softagency.co.jp/mysql/Win/winclients.html
> 
> 　にありましたが（winclients-3.23.09a-sjis.zip）。