小岩です。

> この方法も悪くないですが、コンテンツ全てに、perl を埋め込まないと
> ダメですよね。それが、けっこう面倒かなぁと思っています。

コンテンツは無関係です。
srm.confに

PerlModule Apache::AuthenDBI

と書いておき、access.conf(たぶん.htaccessでもいいんだろうけれどやったことが
ない)に

<Directory /home/httpd/html>
AuthName "STAFF ONLY AREA"
AuthType Basic
PerlAuthenHandler Apache::AuthenDBI
PerlSetVar Auth_DBI_data_source dbi:mysql:staff_db
PerlSetVar Auth_DBI_username    manager
PerlSetVar Auth_DBI_password    nippon
PerlSetVar Auth_DBI_pwd_table   staff_table
PerlSetVar Auth_DBI_uid_field   staff_code
PerlSetVar Auth_DBI_pwd_field   staff_passwd
PerlSetVar Auth_DBI_pwd_whereclause "staff_class = 'Arbeit'"
PerlSetVar Auth_DBI_encrypted   off
require valid-user
</Directory>

とか書くだけです。
認証はapacheがmod_perl越しにAuthenDBI使って勝手にやってくれますので、Perlの
コードは一切必要ないです。
encryptedをoffにしているのは私の趣味ですが、こちらの方が実用的だと思っていま
す。where文も書けるので、そのディレクトリに入れるのは店長だけとか、こっちの
ディレクトリはバイトもOKとか、結構簡単です。