えんどうです。
ほんと、流しすぎでごめんなさい。m(_ _)m

動いている物は
% ldd /usr/local/mysql/libexec/mysqld
/usr/local/mysql/libexec/mysqld:
        libc_r.so.3 => /usr/lib/libc_r.so.3 (0x28106000)
        libcrypt.so.2 => /usr/lib/libcrypt.so.2 (0x2819b000)
        libstdc++.so.2 => /usr/lib/libstdc++.so.2 (0x2819e000)
        libm.so.2 => /usr/lib/libm.so.2 (0x281d5000)
        libc.so.3 => /usr/lib/libc.so.3 (0x281f0000)

なのに、動いていない方は
# ldd /usr/local/libexec/mysqld
/usr/local/libexec/mysqld:
        -lz.2 => /usr/lib/libz.so.2.0 (0x20166000)
        -lcrypt.2 => /usr/lib/libcrypt.so.2.0 (0x20172000)
        -lstdc++.2 => /usr/lib/libstdc++.so.2.0 (0x20175000)
        -lm.2 => /usr/lib/libm.so.2.0 (0x201ab000)
        -lc_r.3 => /usr/lib/libc_r.so.3.0 (0x201c5000)

と、libc がリンクされていません。
これが問題なのですが、なんでリンクされないんでしょうか？
ldconfig ではうまく認識されているようなのですが。。。(T_T)