神崎です。

> ところが自動起動できるようにしておかないと
> サーバーがリブートされた場合などは、ちょっと
> まずいことになります。
> 一般ユーザーなので /etc/rc.d/init.d/　に
> 起動のスクリプトを書きこんだりできません。

MySQLが立ち上がっていると、私のシステムでは/usr/local/var/に
mysqld.pidファイルが存在します。
MySQLがSTOPするとこのファイルは存在しません。
Apacheや他のプロセスと同じ仕組みです。
root権限がないのであればユーザーのcronにこのファイルの
有無を確認するシェルスクリプトを登録しておき、
ファイルがあれば何も処理しないで、ファイルがなければ
MySQLをSTARTするようにすればよいのではないでしょうか？
cronの間隔はお好きな間隔にセットしてください。