神崎です。

> 起動時のエラーログを見ると
> >Found old style password for user 'php'. Restart using --old-protocol
> 
> とあったので、 safe_mysqld --old-pr & で起動すると立ち上がります。
> 今までは safe_mysqld -l & で起動していたのに変です。

パスワードを入力する時に暗号化しないで生で入れませんでしたか？
password('パスワードの文字列')
の構文を使用して入れないと--old-protocolでしか立ち上がらなくなります。