岡善博＠中札内です。

実は、いつの間にか、zenpakudbが壊れてしまったので、再構築すます。

昼間の時間で、頭がスッキリしている時に行いますね。

かなり時間が時間が掛かると思います。

一部レスを書いておきます。

> 自宅サーバでWordPressを立ち上げていて、不覚にもデータベースのバックアップ
> 取らずにＯＳをFreeBSD 11.3Rp13から12.2Rp7に上げてしまいました。

> wordpressを構築した時は、MySQL5.6でした。

OSをバージョンアップした時点でのMySQLはいくつでしたか？
以前も書きましたが、WordPressを構築した時は、MySQL5.6で昨年だったか？phpやMySQLを
バージョンアップして、MySQL5.7にして、ずっと動いていました。
(その時点のMySQLと合わせたバージョンにするのが望ましいと思っています。
ibdファイルだけ無理矢理インポートするようなイレギュラーなケースなので、
リリースシリーズをまたいだ(たとえば、5.6と5.7)状態で
それが無理矢理できるようなものなのかわかりません)


> ただ、DISCARD TABLESPACEを実行後、ibdは、消えていませんでしたが、念のため

これも何かおかしいです。パスが間違っているか正しくibdファイルをつかめていない気がします。



綺麗に以下のように再実行できますか？
FreeBSDのレイアウトは知らないので、Linux - Generalを使って /usr/local/mysql
の下にもろもろがある状態のコマンド例です。適宜読み替えてください。
----
コマンドは、/usr/local/bin/に有ります。
-rwxr-xr-x 1 root wheel 3923608 8月 26 17:11 /usr/local/bin/mysql*
-rwxr-xr-x 1 root wheel 5174 8月 26 17:07 /usr/local/bin/mysql_config*
-rwxr-xr-x 1 root wheel 3618984 8月 26 17:11 /usr/local/bin/mysql_config_editor*
-rwxr-xr-x 1 root wheel 5243608 8月 26 18:21 /usr/local/bin/mysql_install_db*
-rwxr-xr-x 1 root wheel 3621384 8月 26 18:21 /usr/local/bin/mysql_plugin*
-rwxr-xr-x 1 root wheel 3822320 8月 26 18:21 /usr/local/bin/mysql_secure_installation*
-rwxr-xr-x 1 root wheel 3655328 8月 26 17:11 /usr/local/bin/mysql_ssl_rsa_setup*
-rwxr-xr-x 1 root wheel 3573640 8月 26 18:21 /usr/local/bin/mysql_tzinfo_to_sql*
-rwxr-xr-x 1 root wheel 4453656 8月 26 18:21 /usr/local/bin/mysql_upgrade*
-rwxr-xr-x 1 root wheel 3813112 8月 26 17:11 /usr/local/bin/mysqladmin*
-rwxr-xr-x 1 root wheel 4063680 8月 26 17:11 /usr/local/bin/mysqlbinlog*
-rwxr-xr-x 1 root wheel 3827728 8月 26 17:11 /usr/local/bin/mysqlcheck*
-rwxr-xr-x 1 root wheel 27022 8月 26 17:12 /usr/local/bin/mysqld_multi*
-rwxr-xr-x 1 root wheel 27868 8月 26 17:12 /usr/local/bin/mysqld_safe*
-rwxr-xr-x 1 root wheel 3895288 8月 26 17:11 /usr/local/bin/mysqldump*
-rwxr-xr-x 1 root wheel 7850 8月 26 17:12 /usr/local/bin/mysqldumpslow*
-rwxr-xr-x 1 root wheel 3808216 8月 26 17:11 /usr/local/bin/mysqlimport*
-rwxr-xr-x 1 root wheel 4199256 8月 26 17:11 /usr/local/bin/mysqlpump*
-rwxr-xr-x 1 root wheel 3807960 8月 26 17:11 /usr/local/bin/mysqlshow*
-rwxr-xr-x 1 root wheel 3826416 8月 26 17:11 /usr/local/bin/mysqlslap*
-rwxr-xr-x 1 root wheel 4131120 8月 26 18:21 /usr/local/bin/mysqltest*
-rwxr-xr-x 1 root wheel 4494592 8月 26 18:21 /usr/local/bin/mysqlxtest*

mysqldumpslowのコマンドを使ったら、dump時のコネクションが切れるのが、対応
出来たのかも知れません。

/usr/local/mysql/bin/mysqladmin shutdown ###
MySQLを止めます。他にコマンドがあるようならこれでなくてかまいません
通常は、/usr/local/etc/rc.d/mysql-server stop　で行います。
rm -r /usr/local/mysql/data ### 一度中身をきれいにします
rm -r /var/db/mysql ですね。

/usr/local/mysql/bin/mysqld --initialize-insecure --user=mysql
--datadir=/usr/local/mysql/data ### データディレクトリを初期化します
/usr/local/mysql/bin/mysqld --daemonize ###
MySQLを起動します。他にコマンドがあるようならこれでなくてかまいません
/usr/local/etc/rc.d/mysql-server start で行います。

結果は、また、送らせて頂きます。