こんにちは、yoku0825といいます。

> 単にWorkbenchのConfiguration File表示が間違っているということでしょうか？


少なくともConfiguration Fileに関しては、MySQL Workbenchが認識しているファイルとMySQL
Serverで実際に使っているファイルは「関係がありません」
MySQL Workbenchに「MySQL
Serverが実際に使っているものと同じものを指定してあげると、Workbench上でmy.iniが修正できるようになるよ」というものです。

デフォルトが5.5になっているのは解せなくもありますが、ここで参照されている何かがおかしくなっているんだと思います。
（MySQL Installerでインストールしたか、MySQL Workbench単体でインストールしたかにも寄りそう）

./res/mysql.profiles/Windows_(MySQL_5.5_Installer_Package).xml:
<value type="string" key="sys.config.path">%ProgramData%\MySQL\MySQL
Server 5.5\my.ini</value>
./res/mysql.profiles/Windows_(MySQL_5.7_Installer_Package).xml:
<value type="string" key="sys.config.path">%ProgramData%\MySQL\MySQL
Server 5.7\my.ini</value>
./res/mysql.profiles/Windows_(MySQL_5.6_Installer_Package).xml:
<value type="string" key="sys.config.path">%ProgramData%\MySQL\MySQL
Server 5.6\my.ini</value>
./res/mysql.profiles/Windows_(MySQL_8.0_Installer_Package).xml:
<value type="string" key="sys.config.path">%ProgramData%\MySQL\MySQL
Server 8.0\my.ini</value>

なおこの値、C:\Users\hogehoge\AppData\Roaming\MySQL\Workbench\server_instances.xml
に記録され、
MySQL Workbenchをアンインストールしてもこのディレクトリは残り続けるので、
一度誤認識されると再インストールしても変わらないとかWorkbenchにはそんなクセがあったりなかったりします…。

なお、MySQL Serverには「自分がどのmy.ini(my.cnf)を使って起動したか」は記録されません。
かろうじて（？）「どのパラメーターがどのmy.ini(my.cnf)から読み込まれたか」はperformance_schemaに記録されるので、↓を参考に探してみてください。

https://gihyo.jp/dev/serial/01/mysql-road-construction-news/0031#sec1_h5


> Directriesに表示されているBase DirectryやData DirectryはC:\ProgramData\MySQL\MySQL

> Server 8.0を指していますが


こちらの値はMySQL Serverの `SHOW VARIABLES LIKE 'basedir'` から取ってきているので正しいのだと思います。

yoku0825,


> 2020年4月6日(月) 16:59 落合 司郎 <s.ochiai@xxxxxxxxxx>:

> >

> > いつもお世話になります。

> >

> > MySQL8.0.19(Windows用)をインストールし、MySQL Workbenchで利用しています。

> >

> > 1.my.ini

> > MySQL WorkbenchのAdministrationタブのServer StatusでConfiguration

> > Fileの内容が、C:\ProgramData\MySQL\MySQL Server

> > 8.0\my.iniではなく、C:\ProgramData\MySQL\MySQL Server

> > 5.5\my.iniを指していました。

> > MySQL WorkbenchのAdministrationタブのOptions File画面最下部に表示されるConfiguration

> > Fileの内容も同様です。

> >

> > 2.Base Directory

> > MySQL WorkbenchのAdministrationタブのServer Status/Server

> > Directriesに表示されているBase DirectryやData DirectryはC:\ProgramData\MySQL\MySQL

> > Server 8.0を指していますが、Option FileのGeneral/Directriesの表示はMySQL Server

> > 5.6を指しています。

> >

> > MySQL Server 5.5\my.iniの内容は下記の3行のみでした。

> > [mysqld]

> > basedir = "C:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.6"

> > datadir = "C:/ProgramData/MySQL/MySQL Server 5.6/data"

> >

> > C:\ProgramData\MySQL\MySQL Server

> > 8.0\my.iniは、[client][mysql][mysqld]の各セクションが記述されており、以下のようになっています。

> > # Path to installation directory. All paths are usually resolved

> > relative to this.

> > # basedir="C:/Program Files/MySQL/MySQL Server 8.0/"

> > # Path to the database root

> > datadir=C:/ProgramData/MySQL/MySQL Server 8.0/Data

> >

> > 単にWorkbenchのConfiguration File表示が間違っているということでしょうか？

> > どのiniファイルが適用されているのでしょうか？

> > 教えてください。

> >

> > ちなみに、以下の環境で行っています。

> > インストールしたファイル：mysql-installer-community-8.0.19.0.msi

> > OS:Windows10

> > MySQL：8.0.19(Win64用GPL)

> > MySQL Workbench:8.0.17

> >