平塚です。

いわゆるETLツールで対応可能と思います。
安価に済ませるならTalendというOSSがあります。
https://jp.talend.com/products/talend-open-studio

ただ文面を拝見する限り、ETLツールを持ってくるのは
牛刀をもって鶏を割く感じを受けます。

sumiyaさんからご提案いただいた手順を基本としつつ
それではどうしてもやりたいことができない場合に
ETLツールを検討するのがよいと思います。

2017年2月24日 11:00 Etsuo SUMIYA <sumiya-e@ube-shinko.co.jp>:

sumiyaといいます。

From: Yamada Shinya <yamada_shinya@interfelix.jp>
Subject: [mysql 16383] mysqlのデータベースの移行
Date: Fri, 24 Feb 2017 10:41:26 +0900
Message-ID: <53e44762-94f8-71c6-7d2f-17aac7f1b40c@interfelix.jp>

> MySQLのデータベースの移行を検討しています。
> 移行元も移行先もMySQLのデータベースです。
> 只、構造が違っていて、テーブルのフィールド単位に設定先を決定する必要が
> あります。

どのような変更が必要なのかわかりませんが、

1)古いmysqlでmysqldump
2)新しいmysqlでインポート
3)必要な変更をALTER tableなどで、行える限り行う。
4)それ以上複雑な変更はプログラムを作る

以外にないと思います。

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平塚貞夫 <sh2@pop01.odn.ne.jp>