後藤と申します。

innodb_file_per_table で、テーブル毎にファイルが作成されるようになっているのであれば、
delete ではなく truncate すればサイズは小さくならないでしょうか？
もしくは、delete 後に optimize table <テーブル名> や、
コマンドラインで mysqlcheck -o <データベース名> など。

> mysqldump --opt --add-drop-table --add-locks --user=root \
> --password=xxxxxx -t database_name table_name> mytable.sql

-t がついているからでは無いでしょうか？

mysqldump --help
 :
-t, --no-create-info  Don't write table creation info.