奥野です。

> クラスター全体が落ちてしまっているので、
> --nowait-nodesで起動しようとしましたが、
> 以下のようなエラーが出てしまいやはり起動できませんでした。

エラーはNode3から発生しているので、--nowait-nodesで指定するのは3です。
Node 3以外を--nowait-nodes=3で起動して下さい。
Node 3はひとまず起動しないでください。

> この場合、--initialオプションを実行するしかないと思うのですが、
> DBのデータも初期化されてしまうのでしょうか？

はい。
--initialオプションをつけるとデータが初期化されます。

この手のエラーは設定を小さな値に変更した場合にも出ることがあります。
MySQL Clusterでは、MaxNoOfTablesなどの各種設定値を動的に縮小できるように
なっていませんのでご注意下さい。（値を増加することは可能です。）

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Mikiya Okuno, MySQL Support Engineer
Sun Microsystems KK, Tokyo, Japan
http://www-jp.mysql.com/