山北です。

> 何の言語を使用しているのかわかりませんが、ライブラリ側で制 
> 御できないと
> いうことは、マルチスレッドとかでしょうか。

Objective-Cを使ってるんですが、マルチスレッド環境下で
発生していました。

昨日あれから色々試した結果、2-3の間をロックすることで問題を
回避することができました。
助言ありがとうございます。


MySQLのサイトにも書いてありましたが見逃してました。。

http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/ja/threaded-clients.html

 > 同じ接続に複数のスレッドを使いたい場合、mysql_query()と
 > mysql_store_result()の呼び出しペアの回にあるりにmutexを
 > ロックさせなければなりません。
 > mysql_store_result()の準備が終わった途端に、ロックを
 > 解放することが出来、他のスレッドが同じ接続を尋ねることが
 > 許されます。