>以上の記述内容について、[ $table_count -ne 0 ] &&はなぜ2回実行するのですか
>意味が理解できていません。

質問の意味が理解できていないかもしれませんが、
  「なぜ『2回実行』する必要があるのか?」
ということなら、
  データベース数と見合ったバックアップ回数であるべきだから
という答でしょう。データベースのバックアップは一般的にそうです。

  「どうやって『2回実行』しているのか?」
ということなら、MySQLには無関係で
  シェルのforループを使っているから
という答ですね。


>mysqlhotcopy done

スクリプトの行を追い込みたいなら、yとdの間にセミコロンが必要です。
--
  iida