こんにちは。nomotoです。

私の場合、文字化けを調べる手順は

1.文字化けが全ての文字で発生しているのか、一部の文字だけが
文字化けするのかを確認。

2.MySQLとのやり取りで問題が発生しているのか確認。
mysqlコマンドで show variables を実行し、MySQLがどういう
状況に稼動しているか確認する。
show tables でテーブルが期待するエンコードで準備されている
か確認する。
ターミナル画面(ssh)の画面エンコードをutf-8にして、日本語を
insertしてselectしてみる。

3.PHP側の設定の問題はないか確認。
<?php phpinfo(); ?>と書いたスクリプトでPHPがどういう状況で
稼動しているかを確認。
output_buffering 、output_handler 、mbstringの章全体
上記とあわせて、出力しようとしているHTMLの文字コードはどう
なっているか（スクリプト自体の文字コードは？htmlのmetaタグは？）

どこかに食い違いがあるはずなので、順を追って確認すれば、
対処法が見えてくると思います。