はじめまして、浅野と申します。

MySQLのバージョンを3.23から5.0.45にアップグレードしようとしております。
データの移行に関しては、文字コードなどでだいぶ苦労しましたが無事移動でき
ました。

今まではMyISAMを使用しており、毎日DBは可動したままファイルをrsyncで別
サーバーにコピーし、
コピー後、myisamchkで修復を行ってから、バックアップ先のMySQLを起動してお
りました。
この方法で数年間、問題が起きたことはありませんでした。
最初の頃は修復していなかったので、たびたびバックアップ先のMySQLで検索を
使用とするとできないことがありましたが
myisamchkで修復するようになってからは、問題は起きておりません。

今度、新しくMyISAMからInnoDBにDBを変更することになりました。
コールドバックアップはできたのですが、バックアップ元は稼働させたままホッ
トバックアップしたいのです。
「InnoDBホットバックアップ」というソフトがベストなんだとは思うのですが、
お金をかけずに行いたいです。

今のところテスト環境でしかやっていないので、実質稼働していても止まってい
る状態に近いため検証がし辛いです。

バックアップ元を稼働させながら、rsyncでファイルをバックアップし、その後
テーブルの整合性を修復するにはどうしたらいいのでしょうか？

他にもっと効率のいいやり方はありますでしょうか？

アドバイスいただけると助かります。

以上、よろしくお願いいたします。