Ykawaです。

お役に立てなくて申し訳けないです。
これまた、お役に立てないかもしれません。

私が、mySQLのバージョンUPを行うときは、
テーブルをmysqldumpでバックアップしてから実施し、
mysqlコマンドにて復活させる方法を行います。
Mysql/var以下の構成をそのまま引き継げるときもあるのですが、怖いので

既に問い合わせているかもしれませんが、バックアップファイル等が存在するな
らば
そのファイルを頂いて、再度、テーブルにインポートする方法が良いのでは？

また、引き継がれた情報だけ文字化けし、新規に登録したレコードの内容が文字
化けしないのであれば、
過去のデータがテキストベースで残っていれば、それを、再insertするのは、如
何でしょうか？